◆時喰い
・クロノ達がラヴォスを倒したことでA.D.1999「破滅の日」は回避されたが、その倒されたラヴォスの無念が発生する。
・B.C.12000年にラヴォスにより次元の渦に飛ばされて彷徨っていたサラは、魔法王国ジールを救えなかった無念から「無に帰りたいという」負の感情に包まれていた。サラは未来で倒されたラヴォスの無念に取り込まれ、ラヴォスの無念は次元を超えて生命の負の感情を取り込みながら成長する「時喰い」に変化する。
◆プロジェクトキッド
・「凍てついた炎」を通して「時喰い」の存在に気づいたガッシュはサラを解放するべく「プロジェクトキッド」を考案。サラを解放し、負の感情を浄化させるには調停者(クロノトリガー)が「クロノクロス」を使う必要があることが分かった。クロノクロスが存在するのは恐竜人たちが進化した世界にあり、タイムクラッシュを使って別世界のディノポリスを過去へワープさせ、「クロノクロス」をAnotherに存在させるよう考えた。
・A.D.1010年、調停者(クロノトリガー)であるセルジュが溺れて死にそうになるが、調停者がいなくなると困るので、キッドを送りセルジュを助けさせる。
◆タイムクラッシュの発生
・A.D.2400年、クロノポリスの研究所で「凍てついた炎(ラヴォスの欠片)」を利用した実験中、「凍てついた炎」の暴走で次元が引き裂かれタイムクラッシュが発生。クロノポリスがB.C.10000年へワープすると同時に、恐竜人が進化したパラレルワールドからディノポリス(星の塔)もB.C.10000年へワープ。
・クロノポリスとディノポリスは対立し、激しい戦いの末クロノポリスが勝利する。クロノポリスのマザーコンピュータFATEは「凍てついた炎」の力でディノポリスの生体兵器「龍神」を六つに別けて封印した。
・タイムクラッシュより前にネオ・シルバードを使って未来から過去へ来ていたガッシュは、クロノポリスの人たちの記憶を消去し、エルニド諸島に住ませながら「運命の書」を通して監視するようFATEに命令する。監視する理由としては、エルニドが本国に影響を与えて歴史が改変するとクロノポリスそのものの存在が危うくなるためである。
・その後ガッシュはA.D.1020年に飛び、蛇骨館の図書館へ。
・FATEは「凍てついた炎」の影響？か、次第に暴走を始める。
◆炎に選ばれし者・調停者(クロノトリガー)
・A.D.1006年、セルジュがヒョウ鬼に噛まれて瀕死。ワヅキとミゲルは嵐の中、賢者のいるマブーレへ向かう。そのとき、次元の渦に落ちていた古代魔法王国ジールのサラは、セルジュの泣き声を聞きつけ、この時空に接触を図る。その影響で磁気嵐が発生しFATEが10分ほどシステムダウンして一時的に神の庭の門が開く。セルジュを連れたワヅキ達は嵐の中で遭難し、神の庭へ漂着する。ワヅキは「凍てついた炎」の声を頼りにセルジュを連れてクロノポリスへ。セルジュは「凍てついた炎」と接触し、一命を取り留め、「凍てついた炎」はセルジュを炎に選ばれし者「調停者(クロノトリガー)」と認証する。ワヅキは炎に選ばれし者ではないため「凍てついた炎」へ近づいたことで精神が不安定化してしまう。そしてFATEのシステム復活と同時に、FATEの元であるマザー・ブレインの頃にガッシュ組み込んでいたセキュリティシステム「プロメテウス」（ルッカが考案）が発動する。「凍てついた炎」はロックされてしまい、セルジュ以外の者は「凍てついた炎」にアクセス出来なくなってしまう。FATEは「凍てついた炎」へアクセスする権利を失ったため「プロメテウス」を排除するために動き出す。
・ワヅキとセルジュは帰還するが、ワヅキは精神不安定なところをFATEに乗っ取られてヤマネコ化してしまい、FATEの意のままに動くようになってしまう。ミゲルは時間の流れが止まっている神の庭の魅力に惹かれて留まる。(FATEの意思もあり？)
・セルジュの声に引かれたサラは、この時代に自分の分身であるキッドを誕生させる。キッドはルッカに拾われ、ルッカの孤児院へ。
・FATEがシステムダウンしたとき「龍神」の封印が一時的に解けて、第七の龍ツクヨミが誕生する。ツクヨミの目的は「凍てついた炎」を人間から奪還すること。「凍てついた炎」のロックを解除することが目的のFATEと一時的に手を組む。
◆調停者(クロノトリガー)の権利奪還
・A.D.1010年、FATEは「プロメテウス」を排除するため、ヤマネコを使ってシステムの考案者であるルッカの孤児院を襲い、ルッカを誘拐。しかしルッカは「プロメテウス」の排除を拒否→死亡
・FATEはヤマネコを使ってセルジュを殺害し、「調停者(クロノトリガー)」の権利を奪還しようとしたが失敗する。
◆パラレルワールドの発生
・A.D.1010年、セルジュはヤマネコに殺されるはずだったが、ここで未来から来たキッドがセルジュを助けることにより、セルジュが生き延びるHomeとセルジュが死亡するAnotherに別れる。セルジュが生き延びたことが原因で歴史は改変し、Homeではクロノポリスが存在できず、遠い未来に世界が滅亡する可能性が戻り、神の庭は死海となってしまった。
・FATEはHomeに干渉することは不可能で情報を入手するしかなかった。唯一できたことはミゲルを監視者として死海に留まらせることだけであった。
・FATEはHomeでセルジュが生きていることを知り、セルジュがAnotherへ接触してくるのを待つことになる。
◆ストーリー
・A.D.1020年、キッドがオパーサの浜でセルジュをHomeからAnotherへ連れて行く。
・セルジュが来るのを待っていたヤマネコは蛇骨一族とパレポリ軍を利用し、セルジュの肉体を手に入れる計画を立てる。セルジュを古龍の砦へおびき出し、龍の涙を使ってセルジュの肉体を奪うことに成功。ヤマネコはセルジュの肉体を使って神の庭へ。
・セルジュはヤマネコのあと追って神の庭へ行こうとするが、神の門で行く手を阻まれる。神の門を開けるため六龍から加護をもらい、さらに龍の涙を使ってセルジュの肉体に戻る。
・ヤマネコはセルジュの肉体を使って「凍てついた炎」へ接触し、「プロメテウス」を排除。セルジュは死海から神の庭へ行き、クロノポリスの「凍てついた炎」の前へ到着。「プロメテウス」から人類の未来を託され、FATEとバトル。見事FATEを倒すが、それによって「龍神」の封印が解けて六龍が合体、星の塔(ディノポリス)が復活してしまう。「凍てついた炎」はツクヨミに持ち去られ、「龍神」による人類への復讐が始まる。
・完全に「龍神」に利用されていたことに気づいたセルジュは「龍神」を止めるために星の塔へ向かう。星の塔の最上階で「凍てついた炎」を発見。そして「龍神」とバトル。「龍神」は負の感情から「時喰い」と化していた。「時喰い」を倒すことは不可能であり、負の感情を開放しない限り世界を救うことは出来ないことを知る。
・セルジュはガッシュから「時の卵」をもらい、そして全ての始まりの場所、オパーサの浜にてクロノ、マール、ルッカ3人達の幻影から真実を告げられる。「時の卵」を使い、「時喰い」と接触し「クロノクロス」を使って「時喰い」の負の感情を浄化する。サラが開放されると共に「時喰い」は消滅。
・セルジュ達は旅の記憶を失い、自分の時間に帰り、自分の生を生きる。次元のゆらぎは消えてHomeとAnotherのつながりはなくなる。そしてキッドは過去へ飛び、A.D.1010年で溺れているセルジュを助ける。
◆エンディング
こうして、ひとつの物語は
幕を閉じる。
ながい時間が、すぎて……
つかの間の夢はとおく過ぎ去り……
残されたのは、わたしと、
思い出だけ……。
でも、いつかきっとまた会える、
あなたと、わたしは……。
別の場所で、別の時間で……。
互いに、そうと気づくことは
ないかも知れないけれど……。
知らない扉を開いて、
もうひとつの現実に出会う、
もうひとつの今日を生きよう。
物語は終わっても、
人生はつづく……
だから、その時まで……
ごきげんよう。
Sarah Kid Zeal
会いに行くからさ
世界中さがしても……
いつか きっと……
きっと……
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